Mehr als 800 Jahre umfasst die Geschichte des Thomanerchores, er ist damit die älteste kulturelle Einrichtung der Stadt Leipzig.

Im Jahr 1212 bestätigte Kaiser Otto IV. auf dem Reichstag zu Frankfurt die Gründung des Augustiner-Chorherrenstiftes zu St. Thomas, die Markgraf Dietrich der Bedrängte von Meißen veranlasst hatte. Zum Stift gehörte eine Klosterschule, die geistlichen Nachwuchs heranbilden sollte, bald aber auch Knaben zugänglich wurde, die nicht im Stift wohnten. Bestandteil der Ausbildung war von Anfang an der liturgische Gesang, um die Sänger in den zahlreichen Wochengottesdiensten einsetzen zu können.

Im Zuge der Einführung der Reformation im Jahr 1539 erlangte Leipzig, nicht zuletzt durch die bedeutsamen und bekannten Thomaskantoren, den Ruf eines herausragenden musikalischen und kulturellen Zentrums in Mitteldeutschland.

Der musikalische Schwerpunkt des Thomanerchores liegt auf der Pflege der „Musica Sacra“. Die Werke von Johann Sebastian Bach, der am 1. Juni 1723 in das Amt des Thomaskantors eingeführt wurde, welches er dann 27 Jahre bis zu seinem Tode 1750 ausübte, bilden dabei das musikalische Zentrum des Thomanerchores.

Dennoch finden sich in den Programmen Chorwerke aus allen Epochen der Musikgeschichte – von der Gregorianik bis zur Moderne. Die täglichen Proben bereiten die „Motetten“ (musikalische Gottesdienstformen) freitags 18.00 Uhr und samstags 15.00 Uhr sowie die Gottesdienste sonntags 09.30 Uhr in der Thomaskirche mit wöchentlich mehr als 2000 Zuhörern vor. In der „Motette“ am Samstag erklingt zusätzlich eine Bach-Kantate mit dem Gewandhausorchester Leipzig und Gesangssolisten/-innen – natürlich sind die Pfarrerinnen der Thomaskirche und der Thomasorganist ebenso zu hören.

Mit der Entwicklung der Massenverkehrsmittel im 20. Jahrhundert begann auch eine rege Konzerttätigkeit des Thomanerchores, die dem Chor zu weltweiter Berühmtheit verhalf. Heute ist der Thomanerchor eine feste Größe des deutschen und europäischen Musiklebens, als kultureller Botschafter ist er darüber hinaus weltweit gefragt. Regelmäßige Konzertreisen führten den Chor in Länder wie die USA und Kanada, Israel, China, Japan, Australien, Brasilien und Argentinien.

Die Mitglieder des Chores, die Thomaner, leben, lernen und proben im Thomas-Alumnat und besuchen ab der Gymnasialstufe die gegenüberliegende Thomasschule, ein Gymnasium der Stadt Leipzig. Nach zweijähriger Bauzeit wurde im April 2013 das rekonstruierte und wesentlich vergrößerte Alumnat in der Hillerstraße 8 feierlich eingeweiht. Der Umbau sowie die Ergänzung eines Neubaus sind den heutigen Standards eines modernen Internats angepasst. Die Nutzungsfläche wurde nahezu verdoppelt, damit ist Raum für bis zu 120 Thomaner geschaffen worden. Ein neues Betreuungs- und Wohnkonzept konnte umgesetzt werden, ein großzügiger Probensaal entstand. Es gibt ansprechende Freizeitangebote.

Nach der Amtsniederlegung von Thomaskantor Georg Christoph Biller war Gotthold Schwarz seit Februar 2015 amtierender Thomaskantor. Am 9. Juni 2016 wurde Gotthold Schwarz zum neuen Thomaskantor berufen und am 20. August 2016 offiziell durch den Oberbürgermeister der Stadt Leipzig, Burkhard Jung, in das Amt eingeführt. Er ist nunmehr der 17. Thomaskantor nach Johann Sebastian Bach.